Certains chirurgiens peuvent préconiser, dans certains cas particuliers (pour les enfants qui sont relativement continents grâce à des lavements réguliers), une "stomie d‘irrigation“ (Stomie d’irrigation colique antérograde, ACE, MACE ou intervention de Malone). Il s’agit d’une stomie dont l‘orifice est situé au niveau du nombril et qui est équipée d’une sonde, donc sans nécessité de porter une poche. Dans presque tous les cas, le raccord se fait par l’appendice. Une extrémité de l’appendice est située à l’extrémité terminale du côlon (caecum), l’autre extrémité sera fixée sur le nombril au moyen d’une suture. Une sonde peut être introduite par le nombril jusqu’à l’intestin pour permettre son irrigation et la purge des selles (les selles s'évacuent pas l'anus). Après le lavement, la sonde est retirée et réintroduite pour le prochain lavement. Si elle est bien réalisée, la stomie disparaît dans le nombril et n’est pas visible. L’introduction de la sonde n’est pas douloureuse. Pour des enfants plus âgés, cette méthode présente souvent l’avantage de ne pas avoir à faire de lavements „par le bas“, c’est-à-dire par l’anus.
Quand les mesures conservatrices ont été épuisées, et dans certains cas de malformations, une intervention chirurgicale peut être utile avec un bon pronostic de continence. La continence ne peut pas toujours être améliorée par ce type d’opérations, c’est pour cela qu’un examen approfondi et responsable doit être pratiqué par un chirurgien expérimenté. Avant toute opération – en particulier pour ce type d‘opérations d’amélioration de la continence – il est conseillé de consulter plusieurs spécialistes avant de prendre une décision.
Dans des cas particuliers, alors qu’on a épuisé toutes les possibilités thérapeutiques sans atteindre un niveau de continence satisfaisant, une stomie permanente peut être la solution (par exemple chez des patients avec une exstrophie cloacale ou lorsque le côlon a été retiré). Ce type de stomie peut considérablement améliorer la qualité de vie du patient.